酶,是生物制造环节中的关键分子,在各大应用领域中都发挥着作用。
例如诊断领域中的DNA聚合酶、生物燃料中的纤维素酶,以及农业应用中的植酸酶等。
从以上举例能发现,每当我们涉及一个新的应用领域时,都需要一种全新的酶,然而酶的设计仍然是一项艰难挑战。
目前的工程方法,依赖于成本高昂的实验室筛选,或者是对天然酶进行改造—— 这个过程需要数月甚至数年,并且难以突破天然酶固有的局限性。
而Biomatter的AI+酶设计技术,就是为了克服这些挑战。
2019 年,Nature子刊上有一项AI+酶工程的论文发表。
该研究团队开发了一种名为ProteinGAN的算法,该算法基于生成对抗网络(Generative Adversarial Networks)设计,可以理解大量复杂的酶数据,并且从头设计全新的酶。
在这项研究中,团队设计出了全球首个使用生成式 AI 设计的全功能酶,这是合成生物学领域重要的里程碑。
这篇论文,也让这家立陶宛公司在AI+合成生物领域一鸣惊人。
Biomatter成立于2018年,首席执行官兼联合创始人Laurynas Karpus毕业于维尔纽斯大学,曾在美国国家癌症研究所任职,后转入维尔纽斯大学。
Laurynas曾作为研发主管,带领团队参与合成生物领域全球顶级赛事iGEM,首席技术官Irmantas Rokaitis同样来自该团队,而首席科学官Linas Zakrys来自于赛默飞。
该公司核心技术平台Intelligent Architecture™,可以同时优化酶活性、特异性、热稳定性、溶解度和其他特性,并从第一性原理开始,自下而上地设计酶。
在这一过程中,工程师需要首先描述酶的理想特性,再考虑最终应用,然后从头开始设计酶,或者是彻底重新设计现有的天然蛋白质支架。
这让研究人员能够像“建筑师”一样设计蛋白质,从第一个原子开始构建合适的分子。
该技术解决了传统酶工程方法固有的设计准确性问题,并且将开发周期从数年缩短到数周。
2021年1月,Biomatter获得了50万欧元的种子轮投资,首个商业合作项目也已经启动,正在与日本知名药企协和麒麟Kyowa合作,通过新型工程酶生产母乳低聚糖(HMO)。